研究项目
1.04年度，江苏省委宣传部：当代“政风”问题的理论研究(JIR-024)，结项。
2.03-05年度，南京农业大学人文社会科学基金项目：当代“政风”问题的理论研究（项目编号SK03031），结项。
3.03-05年度，南京农业大学人文社会科学基金项目：当代中国公共行政责任的理论研究（项目编号SK03012），结项。
4.2004年度，江苏省博士后科研资助计划项目“十大行政伦理关系研究”。
5.05-06年度，南京农业大学人文社会科学基金项目:当代中国行政伦理建设研究（项目编号SK05008）。
6.05-06年度，南京农业大学人文社会科学基金项目:当代中国公共行政责任的理论研究（项目编号SK05037）。
7.江苏省教育厅2005年度高校哲学社会科学基金项目：“取信于民”的政府信用研究（05SJD630033）。
8.06-07年度，南京农业大学人文社会科学基金项目:“取信于民”的政府信用研究（项目编号SK06038）。
9.教育部人文社会科学研究2005年度规划基金项目：“十大行政伦理关系”研究（05JA810007）。
10.2005年度，南京农业大学教改课题项目：“选读课”教学现状调查与提高教学效果的对策研究（2005Y031）。
11.08-10年度，全国哲学社会科学规划办公室2008年规划项目：和谐行政关系研究（08BZZ021）
12.2009-2011年度，南京农业大学教改项目：本科生导师制：实现机制研究
13.2012－2015年度，全国哲学社会科学规划办公室2012年规划项目：“城市包容乡村发展”的实证研究（12BZZ050）
14.2010－2012年度，中央高校基本科研业务费：后农业税时代乡村治理关系与模式的实证研究——基于苏南、苏中与苏北的调研（KYZ201007）
15.2012－2015年度，中央高校基本科研业务费：江苏乡村治理发展报告（SKZD201205）
科学研究
1．刘祖云：《中国共产党文化理论的历史发展——从毛泽东、邓小平到江泽民》，《南京农业大学学报》（社会科学版）2002年第2期。
2．刘祖云：《责任行政：中国行政改革的基本目标》，《中共福建省委党校学报》2002年第5期。
3．刘祖云、余林媛：《论毛泽东“民族的科学的大众的”文化——有中国特色社会主义文化理论的历史起点与认识基础》，《理论月刊》2002年第7期。
4．刘祖云、余林媛：《论第三代中央领导集体文化观的理论特色》，《江汉论坛》（CSSCI期刊）2002年第8期。
5．刘祖云：《论怀疑论与怀疑》，《南京农业大学学报》（社会科学版）2002年第4期。
2003年
1．刘祖云：《用责任取代权利——公共行政的逻辑》，《南京农业大学学报》（社科版）2003年第1期；人大复印资料《公共行政》2003年第5期，全文转载。
2．刘祖云：《论权责统一：公共行政的理论逻辑》，《江南大学学报（社科版）》2003年第3期。
3．刘祖云：《论公共行政责任的实现》，《理论月刊》2003年第4期。
4．刘祖云：《哲学的基本特点与大学生素质教育》，《江苏高教（CSSCI期刊）》2003年第4期。
5．刘祖云：《务实：公共行政基本的行为取向》，《学术论坛》2003年第4期。
6．刘祖云：《民谣：公共行政作风的社会评价》，《汕头大学学报（社科版）》，2003年第4期；人大复印资料《公共行政》2003年第6期，全文转载。
7．刘祖云：《行政价值观乃公共行政之“魂”》，《南京市委党校南京行政学院学报》2003年第6期。
8．刘祖云：《“德才兼备”与当前干部素质问题》，《党政干部论坛》2003年第10期。
2004年
1．刘祖云：《论公共行政责任存在的逻辑前提》，《南京农业大学学报》（社科版）2004年第1期；人大复印资料《公共行政》2004年第7期，全文转载。
2．刘祖云：《加快人事制度改革 提高人力资源效率》，《学术论坛》，2004年第2期。
3．刘祖云：《论影响政府效率的行政文化形态》，《深圳大学学报（社科版）》（CSSCI期刊）2004年第2期；人大复印资料《公共行政》2004年第8期，全文转载。
4．刘祖云：《“服务型政府”价值实现的制度支持》，《江海学刊》（CSSCI期刊）2004年第3期。
5．刘祖云：《行政作风建设由伦理走向法治》，《社会科学家》（CSSCI期刊）2004年第3期。
6．刘祖云：《论群众对公共行政活动的评价》，《三峡大学学报（社科版）》2004年第4期。
7．刘祖云：《作风与素质：外显与内化的逻辑》，《安徽教育学院学报》2004年第4期。
8．刘祖云：《历史与逻辑视野中的“服务型政府”》，《南京社会科学》（CSSCI期刊）2004年第9期；人大复印资料《公共行政》2004年第12期，全文转载。
9．刘祖云：《“高效”行政源于行政体制与机制创新》，《理论月刊》2004年第9期。
10．刘祖云：《论行政权力的双重规定性：权利与义务》，《汕头大学学报（社科版）》2004年第5期。
11．刘祖云：《论我国行政低效的“表现”与“成因”》，《楚雄师范学院学报》2004年第5期。
12．刘祖云：《廉洁：一道公共行政的道德底线》，《湖南社会科学》2004年第6期。
13．曲福田、刘祖云：《从我国行政改革看提高行政效率的逻辑》，《南农业大学学报（社科版）》2004年第4期。人大复印资料《公共行政》2005年第3期，全文转载。
