学校以医学为主，医学、理学、工学、管理学、法学等学科门类协调发展。拥有临床医学、药学2个博士学位授权一级学科点， 26个博士学位授权二级学科点;有10个硕士学位授权一级学科点，60个硕士学位授权二级学科点;拥有博士专业学位授予权1个，硕士专业学位授予权8个。建立了药学、临床医学、公共卫生与预防医学3个博士后科研流动站。

有14个国家临床重点专科，3项省级学科建设重大项目，18个省级重点学科，37个省级临床医学重点学科和重点扶持学科;建有1个科技部“省部共建国家重点实验室培育基地”，2个教育部重点实验室、25个省部级(重点)实验室，是国家药品临床研究基地。有1个教育部科技创新团队，2个安徽省科技创新团队，3个安徽省“115”产业创新团队，3个安徽省高校科研创新平台团队，1个安徽省高校智库。